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潘玉春 || 金华猪群体内的基因组选择信号检测

来源: 中国农业科学微平台  2020年04月03日  点击:31936

金华猪在长期的自然和人工选择下表现出优良的生产性能,但其驯化进程的机理尚不清楚。选择信号是生物群体在选择进化的过程中,由于选择作用使得生物群体表型特征,并在基因组上留下印迹。因此,通过基因组测序检测驯化过程中在基因组上留下的选择信号,有助于解析不同品种(群体)的起源进化和重要经济性状形成机制。

近日,上海交通大学潘玉春、王起山教授的科研团队对金华猪群体全基因组发生的选择信号进行检测。利用202头金华猪的基因组测序数据,运用REHH (relative extended haplotype homozygosity) 方法进行基因组选择信号分析,并通过生物信息学分析揭示其候选基因的功能。研究结果以题为"Genome-wide detection of selective signatures in a Jinhua pigpopulation"发表在Journal of Integrative Agriculture (JIA) 2020年第5期。该研究得到国家科技攻关计划(2016C02054-2)国家自然科学基金(31872976)的资助。

结果共得到166661个SNP,检测到26161个核心区域,长度共有636.42 Mb,约占常染色体总基因组的28%。进一步筛选出1158个显著(P<0.01)的核心单体型作为选择信号区域。经过注释,这些显著的区域包含402个基因,一些候选基因与肉质、繁殖、免疫反应和体型等重要的经济性状有关,其中最极端P值(P<0.0001)区域对应的基因为ssc-mir-365-2、KDM8、RABEP2、GSG1L、RHEB和RPH3AL。基因功能富集结果表明,这些基因主要与代谢、发育和生物进程的调控等GO条目有关,显著的通路与代谢、生长和免疫相关。

研究结果为金华猪提供了全基因组选择信号图谱,可以为金华猪及其它中国地方猪的基因组进化和选择机制提供深入的了解。


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